شهید بهشتی و آغاز مبارزات سیاسی
هر چند که در سالهای ۱۳۲۹ و ۱۳۳۰ و ۱۳۳۱ در گردهماییها و نشستهای سیاسی نهضت ملی شدن صنعت نفت در تهران و اصفهان شرکت میکرد، اما به گونه پیگیر تلاشهای خود به رهبری روحالله خمینی را در سال ۱۳۴۱ و با تشکیل کانون دانشآموزان قم، با همراهی محمد مفتح، آغاز کرد. پس از سخنرانی او در جشن روز مبعث در دانشگاه تهران، هستهای پژوهشی برای پژوهش پیرامون حکومت اسلامی تشکیل شد. به دستور ساواک، از قم به تهران فرستاده شد و در آنجا با هموندان هیئتهای موتلفه اسلامی ارتباط برقرار کرد. با پیشنهاد شورای مرکزی مؤتلفه، روحالله خمینی برای این گروه شورای روحانیت و فقاهت تعیین کرد که محمد بهشتی به همراه مرتضی مطهری، محی الدین انواری و مهدی مولایی تشکیل دهندهٔ آن بودند. در سال ۱۳۴۳ در اثر فشار ساواک از آموزش و پرورش منتظر خدمت شد. آلمان
در سال ۱۳۴۳ کار ساختمان مسجدی در هامبورگ که ساخت آن با حمایت سید حسین طباطبایی بروجردی و هزینه شاه آغاز شده بود، رو به پایان بود. به دلیل بازگشت محمد محققی -نمایندهٔ سید حسین طباطبایی بروجردی- به ایران، مسلمانان هامبورگ از مراجع قم برای مسجد درخواست روحانی کردند. سید محمدهادی میلانی و حایری، بهشتی را برای این کار انتخاب کردند. از سوی دیگر به دلیل کشته شدن نخستوزیر حسن علی منصور به دست فداییان اسلام و نقش شاخهٔ نظامی هیئتهای موتلفه در آن، دوستان بهشتی به دنبال خارج کردن او از کشور بودند. نخست ساواک از صدور گذرنامه برای این سفر جلوگیری کرد. اما با تلاش سید احمد خوانساری این مشکل برچیده شد و او در اسفند ۱۳۴۳ به آلمان رفت و در شکلگیری مرکز اسلامی هامبورگ و اتحادیه انجمن اسلامی دانشآموزان مسلمان - گروه فارسیزبانان - ایفای نقش کرد. در این مدت به سفر حج رفت و نیز سفرهایی به ترکیه، سوریه، لبنان و عراق برای آشنایی با تلاشهای اسلامی و دیدار با موسی صدر و روحالله خمینی انجام داد. در ۱۳۴۹ سفری به ایران داشت که در آن سفر از سوی ساواک ممنوعالخروج شد و اقامت ۵ سالهٔ او در آلمان پایان یافت.